Riset Grup Mikrobiologi (Applied Microbiology and Bioresource Technology) berperan penting dalam pengembangan teknologi hayati dan keberlanjutan melalui riset multidisipliner berbasis pemanfaatan mikroorganisme. Didukung oleh kolaborasi dengan bidang lain seperti proteomik, kimia organik, dan bioinformatika, riset grup ini mengembangkan dua arah riset utama, yaitu biokonversi dan bioremediasi.

A. Biokonversi
Berfokus pada pemanfaatan mikroorganisme untuk mengubah bahan – bahan alami atau limbah menjadi produk bernilai guna tinggi

B. Bioremediasi
Difokuskan pada penggunaan mikroorganisme untuk memperbaiki kondisi lingkungan tercemar.

Kedua arah riset tersebut mencakup berbagai topik penelitian yang meliputi:

• Biosurfaktan
  Penelitian yang berfokus pada produksi senyawa biosurfaktan yang dihasilkan oleh mikroorganisme. Biosurfaktan memiliki kemampuan untuk menurunkan tegangan permukaan serta membentuk emulsi stabil antara cairan yang tidak saling bercampur, seperti minyak dan air. Sifat ini menjadikannya sangat potensial untuk diaplikasikan dalam berbagai bidang, khususnya untuk membersihkan pipa minyak dari endapan oil sludge yang mengganggu aliran fluida dan efisiensi sistem perpipaan di industri migas. Aplikasi biosurfaktan menjadi solusi ramah lingkungan untuk menggantikan surfaktan sintesis
• Degradasi Hidrokarbon
  Eksplorasi mikroorganisme yang mampu mendegradasi senyawa hidrokarbon, terutama dari limbah minyak, menjadi senyawa yang lebih ramah lingkungan. Riset ini berkontribusi pada pengembangan teknologi bioremediasi alternatif untuk penanganan pencemaran minyak dan senyawa organik berbahaya di lingkungan
• Biofertilizer
  Pengembangan (formulasi) pupuk hayati berbasis mikroorganisme yang dapat meningkatkan ketersediaan nutrisi bagi tanaman dan mendukung pertanian berkelanjutan
• Agen Pengendali Hayati (Biocontrol Agent)
  Penelitian yang terkait dengan mikroorganisme dengan potensi sebagai agen pengendali hama atau patogen tanaman, baik berupa fungi maupun serangga, untuk mengurangi ketergantungan terhadap pestisida kimia
• Agen Antimikroba (Antimicrobioal Agent)
  Isolasi dan karakterisasi mikroorganime serta metabolit sekundernya yang memiliki aktivitas antimikroba, untuk dikembangkan sebagai kandidat bahan aktif dalam produk kesehatan, pertanian, maupun industri makanan.